It was only 4 o`clock in the afternoon = было только 4 дня пополудни;

But it was already very dark = но было уже очень темно;

Suddenly there was a flash of lightning = неожиданно сверкнула молния;

The weather has been very cold recently = погода в последнее время очень холодная;

Then almost at once it began to rain = затем почти сразу начался дождь.

Речь идет о прошедшем событии, за исключением фразы `The weather has been very cold recently`, которая относится к настоящему времени.