Она спала уже три часа к тому времени, как мы вернулись.
Пояснение:
Когда сообщается сколько (как долго) длилось действие до определенного момента времени в прошлом, т.е. сколько оно длилось в предпрошлом, употребляется прошедшее совершенное длительное время Past Perfect Continuous (had been + глагол + ing). В данном случае к моменту нашего возвращения (when we returned) она проспала уже три часа (в предпрошлом): She had been sleeping for three hours.
