Когда ей было шестнадцать лет, она поступила в Университет.
Пояснение:
В данном случае простое прошедшее время Past Simple (she entered), т.к. сообщается о факте в прошлом (она поступила в 16 лет).
Present Perfect (has entered) не употребляется, когда речь идет о явно прошедшем времени, т.е. присутствуют слова yesterday, last year, five minutes ago, when she was 16, in 1990 и т.д.
