Если главное предложение в прошедшем времени, то и придаточное должно быть в прошедшем (согласование времен), поэтому I knew when he comes/will come не совсем верно грамматически.
В третьем лице единственного числа употребляется has вместо have, т.е. he have some неверно, правильно he has come.
В данном случае: я знал в прошедшем, когда он пришел в предпрошедшем, поэтому Past Perfect.