В то утро она вышла после того, как позвонила кому-то.
Пояснение:
В данном случае прошедшее время, на что указывает фраза that morning (= в то утро).
Кроме этого. подчеркивается, что она перед выходом позвонила кому-то и потом только вышла, т.е. вышла в прошлом (Past Simple), а позвонила в предпрошлом (Past Perfect).
Поэтому верный вариант: She went out after she had phoned.