Она была благодарна за то, что ее предупредили заранее.
Пояснение:
Страдательный залог (ее предупредили, т.е. была предупреждена): to be warned.
После предлогов употребляется герундий (глагол + ing), поэтому неверно говорить for had been, for was, for warn.
Так как ее предупредили до того, как она стала благодарной, т.е. в предпрошедшем, употребляется конструкция Perfect: She was thankful for having been warned.