Она будет чувствовать себя лучше, когда прекратит курить.
Пояснение:
В условно-временных придаточных предложениях (if, when, after, before, while, till, until, as soon as, unless и т.п.) вместо времен Future используются времена Present. Поэтому в данном случае вместо Future Simple необходимо употребить Present Simple: She will feel when she stops.
Не забываем, что в Present Simple в третьем лице единственного числа к глаголу добавляется окончание -s-: he/she/it lives/works/helps.