I thought he waits неверно, т.к. по правилу согласования времен, если в главном предложении прошедшее время (I thought), в придаточном тоже должно быть прошедшее время: I thought he was waiting.
I thinks неверно, только he/she/it thinks.
He is waited - страдательный залог (= его ожидают).
He were waiting неверно, т.к. were употребляется во множественном числе (we/you/they were).
